Den Felsenhügel im Zentrum Niederndorfs krönt die St. Georg-Pfarrkirche. Nach der Erwähnung im „Indiculus Arnonis“ ist das Jahr der Erstbezeugung das Jahr 1376, als Otto der Ebbser wegen des Gedächtnisses auf der Kanzel alle Sonntag 45 Pfg. und das Gut Schenau dem Gotteshaus von Niederndorf vermacht.
Für 1401 ist eine Ablaßweihe durch Papst Bonifaz für das Georgspatrozinium nachgewiesen. Aus der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts stammen vier Schlußsteine der Pfarrkirche, die bedeutende Werke der in Oberbayern und in Salzburg verbreiteten Gußsteintechnik darstellen und heute in der Margarethenkapelle zu sehen sind.
1515 wurde die Margarethenkapelle erbaut, die ursprünglich als Karner (= Beinhaus) diente und 1518 von Bischof Pürstinger v. Chiemsee eingeweiht wurde. Diese Kapelle stellt ein kleines spätgotisches Denkmal mit Netzrippengewölbe dar, Freskenreste sind noch heute erhalten.
1554 verheerte ein großer Brand den Ort, wobei bei der Kirche nur mehr die Mauern erhalten blieben. Auch die Margarethenkapelle wurde sehr stark beschädigt, später aber vergrößert und erneuert.
1557 erhielt die Pfarrkirche eines der schönsten Tiroler Geläute aus der berühmten Gießerwerkstätte Gregor Löfflers in Innsbruck. Ob ihres großen historischen und kunstgewerblichen Wertes sind diese Glocken den Ablieferungsbefehlen zweier Weltkriege entgangen.
1786 erhält das Pfarrhaus Niederndorf die ersten beiden Priester, seit der Zeit wird Niederndorf auch immer Pfarrei genannt.
1805 wird dem Salzburger Ordinariat das Bestehen des Patronatsrechtes der Gemeinde angezeigt. Die Pfarrei Niederndorf ist jetzt das einzige Gemeindepatronat der Erzdiözese.